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As músicas mantinham o peso característico do metal, reforçado pelo óptimo baterista Danny Carey, que no lançamento do segundo álbum, "Ænima" (1996) incluiu pads electrónicos ao seu kit. A formação da banda também mudou, com a saída do baixista Paul D'Amour e a entrada de Justin Chancellor. As principais faixas deste trabalho são "Stinkfist", "Eulogy", "Forty Six & 2" e "Ænema" - ganhou o grammy em 1997 por "best metal performance".
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Em 2001, cinco anos após o lançamento do segundo álbum, Tool lança "Lateralus", um marco do metal progressivo. A primeira faixa de trabalho foi "Schism", mas todas as músicas mantém o mesmo nível e qualidade, apesar da longa duração. "Lateralus" apareceu em todas as listas de melhor albúm de 2001.
Em 2002 ano foi lançado o primeiro tributo ao Tool, no qual bandas de estilo gótico/industrial regravaram as principais músicas da banda. O vocalista Maynard James Keenan também participa de um projeto paralelo com a banda A Perfect Circle, com a qual lançou o albúm "Mer de Noms" em 1999, e que em 2002 voltará aos estúdios. Além disso, já colaborou com trabalhos do Rage Against The Machine, Deftones, e estará presente também no projeto paralelo de Trent Reznor, do NIN, chamado "Tapeworn Project".